Grundades 1772 av Carlos III Som den Kungliga naturhistoriska kabinettet. En del av den samling som detta museum har är tack vare donationer från Pedro F. Dávila, en handelskult av Guayaquil. 1815 heter han Kungliga naturvetenskapliga museet. 1887 bosatte han sig i Palace of Industry and Fine Arts.
Sedan 1913 har han den nuvarande valören. Inuti fokuserar museet på forskning, beskrivning och bevarande av biologisk och geologisk mångfald runt om i världen, för vilka det har fem specialiserade avdelningar.
Dess huvudfunktion är spridning av naturvetenskap och utveckling av didaktiska aspekter genom publikationer och utställningar. Mötesplatsen för forskningsstudier är Madrid.
När du besöker det kommer du att kunna veta några historiska exemplar som megateriet, diplodokot, dioramas av fåglar och däggdjur, naturhistoriska museet, rum tillägnad Medelhavet och rum där de mest symboliska historiska bitarna av museet möts.